A Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação – PROPPG é o órgão da administração superior da UDESC responsável pela implementação das políticas de desenvolvimento das pós-graduações. Sua organização interna compõe-se pelas Coordenações de Pesquisa, Pós-Graduação e Capacitação e Apoio Docente, e pelo Núcleo de Projetos e Parcerias.
A PROPPG tem por desígnio gerir a política institucional de capacitação docente, pesquisa e pós-graduação, conduzir a relação da UDESC com as agências Estaduais e Nacionais para o desenvolvimento da Ciência e Tecnologia, incentivar e supervisionar a criação de cursos, promover programas de fomento à pesquisa e apoiar eventos científicos.