As aulas na graduação em Fisioterapia da Udesc Cefid iniciaram em 1994, após a criação do curso pela Portaria Nº 236 do Conselho Universitário (CONSUNI), de 27 de abril de 1993. O reconhecimento do curso pelo Conselho Estadual de Saúde de Santa Catarina (CES/SC) ocorreu em 31 de agosto de 1994 e pelo Conselho Nacional de Saúde (CNS) em setembro de 1994.
O curso de Fisioterapia passou por uma reforma curricular no primeiro semestre de 2010, que ampliou sua duração de quatro para cinco anos. Em 2012, passou por uma nova alteração no currículo, de pequena monta, com a extinção de algumas disciplinas e readequação de ementas, mas sem alterar a carga horária total do curso.
Uma segunda reforma curricular foi realizada em 2024 e o novo currículo vem sendo implantado de forma gradativa, devendo alcançar todas as fases da graduação no primeiro semestre de 2029.
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