O Setor de Diárias e Transportes é responsável por atender as demandas de servidores e acadêmicos no transportes vinculados às viagens acadêmicas, administrativas e de projetos. Compete-lhe ainda o processamento dos pedidos e pagamentos de diárias e compra de passagens.
Atua na fiscalização dos contratos: de mecânica e lavação da frota de veículos oficiais; combustíveis; emissão de passagens e seguro-viagens e fretamento de veículos terceirizados de passageiros.
Por fim gerencia saldos, dos itens de sua atuação, dos editais internos do centro, projetos e cotas dos departamentos e programas de mestrado.