Os 12 centros de ensino da Udesc são estruturados com base em departamentos, ou seja, setores que congregam um ou mais cursos, onde são lotados os professores da universidade. É lá que, na prática, originam-se ações de ensino, pesquisa e extensão em toda a instituição.
Os departamentos da Udesc são conduzidos pelo colegiado pleno de cada órgão. O chefe e o subchefe são eleitos por esse colegiado, entre os docentes que fazem parte de cada departamento, eleitos por votação direta e secreta. Terão mandatos com duração de dois anos e devem exercer o cargo em regime de dedicação integral.