A Reitoria é o órgão administrativo superior da Udesc, subordinando ao Conselho Universitário (Consuni), o órgão máximo da universidade.
Os cargos de Reitor e Vice-Reitor são privativos de brasileiros, integrantes de carreira do Magistério Superior da Udesc há, pelo menos, 5 (cinco) anos com dedicação integral, eleitos por votação da comunidade universitária e nomeados por ato do Governador do Estado.
As eleições ocorrem a cada quatro anos. Atualmente, o Reitor e o Vice-Reitor fazem parte da Gestão 2020-2024.