Além do ingresso pelo vestibular, a Udesc adota o Sistema de Seleção Unificada (Sisu), no qual instituições públicas de ensino superior oferecem vagas para candidatos participantes do Exame Nacional de Ensino Médio (Enem), realizado pelo Ministério da Educação (MEC). A universidade reserva 25% do total de vagas ofertadas a cada semestre para ingresso pelo Sisu.
O processo seletivo do Sisu é realizado duas vezes ao ano, sempre no início do semestre letivo. A inscrição é gratuita, em uma única etapa, sendo feita pela internet, no site do Sisu. No fim do período de inscrições, são selecionados os candidatos mais bem classificados dentro do número de vagas.
A Udesc adota também no Sisu o sistema de cotas: 20% das vagas são reservadas a estudantes que tenham feito todo o ensino médio em escolas públicas. Além disso, 10% das vagas são para estudantes negros.